نشأت الجامعة المصرية الروسية في عام ٢٠٠٦ بالقرار الجمهوري رقم ٢٥٦ ، وكانت نشأتها بالتعاون مع سبع من مؤسسات التعليم العالي الروسية المرموقة وهى: - جامعة اجيفسك التقنية الحكومية - معهد الطاقة بموسكو - جامعة الصداقة - جامعة تومسك التقنية - معهد الدراسات الشرقية باكاديمية العلوم الروسية - جامعة روسيا الحكومية للانسانيات - جامعة ماجنيتوجورسك التقنية الحكومية. و من أبرز برامج التعاون المميزة للجامعة المصرية الروسية هي برامج التوأمة في كلية الهندسة ، حيث تتيح للطالب أن يحصل على شهادتين في بكالوريوس الهندسة واحدة من الجامعة المصرية الروسية والأخرى من جامعة اجيفسك التقنية الحكومية كما في برامج الميكاترونيات والروبوتات و هندسة الانشاءات و الاتصالات ، وفي هذه البرامج يدرس الطالب بعض الفصول الدراسية في جامعة اجيفسك و البعض الاخر في الجامعة المصرية الروسية. وهناك أيضا برنامج التوأمة الخاص بقسم هندسة المحطات النووية حيث تتم دراسة البرنامج بالتعاون مع جامعة تومسك التقنية. و هدفها الاستفادة من الخبرة الروسية والامكانيات المعملية لدى هذه المؤسسات. و برامج التبادل الثقافي التي تهدف الى توطيد العلاقات حيث تتيح لكلا الجانبين فرصة للتعرف على ثقافة الجانب الاخر. ومن ابرز الاتفاقيات في هذا الصدد هي مذكرة التفاهم مع الجامعة الروسية الحكومية للانسانيات وجامعة الصداقة بموسكو حيث يزور الجامعة سنويا وفد الطلاب الروسي من الجامعتين للتعرف على اثار القاهرة و تعليمهم العربية العامية. ومؤخرا أعلنت إدارة الجامعة المصرية الروسية أنها بصدد إنشاء (4) كليات جديدة وهى: "كلية الطب، كلية الفنون البصرية والتصميم، كلية الفنون التطبيقية، كلية الألسن واللغات التقنية". وأوضح أ.د./ شريف فخري رئيس الجامعة أنه تم اختيار تلك النوعية من الكليات؛ نظراً لسعي إدارة الجامعة بأن تكون الأقسام التى تحتويها الكليات غير نمطية؛ لسد العجز فى التخصصات النادرة لحاجة سوق العمل إليها ، وتدعيمه بالموارد البشرية ذات القدرة والكفاءة فى تلك المجالات . و أضاف من جانبه أنه تم إستحداث أقسام جديدة بالكليات التى تعمل حالياً مثل قسم "الصيدلة الإكلينية" فى كلية الصيدلة ، وأربعة أقسام جديدة بكلية الإدارة والتكنولوجيا المهنية والحاسبات وهى: "علم البيانات، الذكاء الإصطناعى، نظم المعلومات الإدارية، علم تحليل الأعمال". و صرحت الأستاذة إكرام محمد عبد الحميد، أمين عام الجامعة المصرية الروسية، أن الجامعة بها حالياً (4) كليات هى: "كلية الصيدلة، كلية الهندسة، كلية طب الفم والأسنان، كلية الإدارة والتكنولوجيا المهنية والحاسبات" ، مشيرةً إلى أنه جاري إعداد الدراسات اللازمة لإنشاء مستشفى تعليمى لكلية "الطب البشرى" داخل الحرم الجامعي ، وسيكون العلاج بها بالمجان لسكان مدينة "بدر" والمدن المجاورة؛ استكمالا لما تقدمه كلية طب الفم والاسنان بالجامعة حاليا من خدمات للمجتمع ، ليصل بذلك عدد الكليات في الجامعة ٨ كليات .